有機農業(yè)生產設置林帶作為緩沖帶與周圍普通生產隔離，設置天敵的棲息地，增加地表覆蓋，增加氮的吸收和存儲。有機種植中的投入品進行嚴格限制，應通過回收、再生和補充土壤有機質和養(yǎng)分來補充因作物收獲而從土壤帶走的有機質和土壤養(yǎng)分。不使用化肥和農藥，降低化學生產的碳素。為了培育土壤永續(xù)生產力，提高碳匯，有機強調施用優(yōu)質有機肥料、生物肥料、天然礦物肥料和生物農藥，鼓勵利用農畜廢棄物制作堆肥，循環(huán)利用農業(yè)廢棄物。
以作物秸稈栽培食用菌，收獲食用菌后，菌渣中仍含有大量的活性微生物和食用菌絲以及未被吸收的營養(yǎng)物質和微量元素。因為其菌渣可以再次作為一個草生菇栽培料，實現(xiàn)一料兩用兩收獲；或將菌渣經過一定的工藝發(fā)酵，可作為飼料蛋白質替代源，酌情選用來作為飼料或飼料添加劑，既可飼喂草食動物，也可飼喂肉食動物進入養(yǎng)殖業(yè)循環(huán)；又或菌渣直接還田、覆蓋茶園和果園，使土壤疏松透氣，增加土壤有機質的積累和有益微生物的繁殖，改善土壤環(huán)境條件；又或菌渣經過工藝處理制成有機肥，接種高溫纖維菌可使菌渣堆內溫度迅速上升至45℃以上，并可持續(xù)18～20 天，堆制成為有機肥，再次進入種植業(yè)。畜牧業(yè)產生的糞便等廢棄物經過一定的加工處理成為有機肥，同樣用于養(yǎng)殖種植業(yè)；種植業(yè)生產的秸稈飼喂草食動物，或經過加工后作為更多動物的飼料，形成養(yǎng)殖―沼―果(蔬)、秸稈―畜禽糞―食用菌―沼―肥―農田等低碳、綠色、高效、綜合性的生態(tài)農業(yè)鏈。
在種養(yǎng)殖業(yè)發(fā)展過程中嚴格控制生產各環(huán)節(jié)，改進生產技術，利用可再生能源，生產有機農產品。有機農產品作為生產原料進入農產品加工領域，被提高產品附加值后進入貿易流通領域。種養(yǎng)殖業(yè)的廢棄物在環(huán)保農資領域進行處理，一部分形成農資產品進入農業(yè)生產領域，一部分形成能源(沼氣)改善農業(yè)生產。通過這樣充分利用可再生資源的方式，有機農業(yè)將農業(yè)生態(tài)系統(tǒng)中養(yǎng)分和能量達到最佳結合，最為易行的土壤固碳方式。
